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　　進入二十一世紀，隨著全球化、市場化農業產業發展和全球貿易一體化格局的逐步形成，我國種業正面臨前所未有的嚴峻挑戰，主要表現在：依靠傳統育種技術難以大幅度提高糧食單產;土地資源短缺、農業環境污染日益突出;種質資源發掘、基因組育種技術亟需創新等。水稻不僅是重要的糧食作物，由于其基因組較小且與其他禾本科作物基因組存在共線性，以及具有成熟的高效遺傳轉化體系，已成為作物功能基因組研究的模式植物。水稻功能基因組研究的成果將輻射和帶動其他作物功能基因組研究，引領作物現代育種的技術前沿。

　　我國通過連續四個“五年科技計劃”設置重大專項資助水稻功能基因組研究，業已建成較為完備的功能基因組研究平臺，包括大型的突變體資源、全長cDNA文庫、全基因組表達譜芯片、高密度基因型圖譜關聯分析、高通量表型組、代謝組及全球首張高密度育種芯片等研究與應用平臺。2016年啟動的國家重點研發計劃“水稻功能基因組研究與應用”項目進一步拓展功能基因組研究平臺，重點剖析重要農藝性狀形成的分子調控網絡，并將其應用于水稻品種的分子遺傳改良，主要研究成果包括：水稻重要農藝性狀形成的分子網絡解析;水稻生物信息分析平臺的完善;水稻高分辨率三維基因組圖譜的繪制;種質資源創新及基因組育種芯片的研發。

　　回顧我國水稻功能基因組研究歷程，我國水稻功能基因組研究領域全面布局，繪制了多個代表性水稻品種的基因組精細圖譜，完成超過5000份水稻品種的變異組圖譜，在水稻功能基因組技術、資源與信息平臺的構建，重要基因的分離克隆和功能鑒定，產量、品質、抗逆、營養高效等重要農藝性狀的功能基因組等方面取得了一批顯著的成果。相關研究成果發表在國際最高水平的學術刊物上，提升了我國種業創新能力以及與國際種業巨頭競爭的實力，確立了我國水稻功能基因組研究整體水平的國際領先地位。