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耕地科學安全利用是農業農村發展的根本性問題，維護耕地系統健康是當前我國面臨的“卡脖子”難題。鄉村振興促進法從法律上明確規定“國家建立農用地分類管理制度，嚴格保護耕地”“建設并保護高標準農田”“推進農村土地整理和農用地科學安全利用”“實施重要生態系統保護和修復工程”“推動種養結合、農業資源綜合開發，優先發展生態循環農業”“實施國土綜合整治和生態修復”“實行耕地養護、修復、休耕和草原森林河流湖泊休養生息制度”等，把耕地保護修復放到了突出位置。在生態文明建設背景下，保護修復耕地、建設生態型農業是實現鄉村振興的重要基礎。
我國耕地資源利用存在的主要生態問題
耕層變薄、有機質含量持續性下降問題嚴重。根據全國耕地質量等別調查與評定成果，全國耕地分為優等地、高等地、中等地和低等地，其中，優等地面積占全國耕地評定總面積的2.9%，高等地面積占全國耕地評定總面積的26.5%，耕地質量本底較差。同時，由于片面追求產量產值、長期積累性的過度開發與利用，在農業連續增產的同時耕地質量下降顯著，我國糧食主產區耕地普遍存在不同程度耕層變淺、容重增加、養分效率低等問題，東北地區黑土層厚度已由開發初期的80～100厘米下降到20～30厘米，部分地區耕地土壤有機質平均含量由原來的3%～6%減少到現在的2%～3%;華北平原耕層厚度低于適宜耕種厚度3～7厘米;西北5省區鹽堿耕地面積超過4000萬畝，一半以上屬于中重度。
耕地有機肥施用量不足。我國自古以來就強調種養結合，這既能提高農業廢棄物的資源利用率，又提升土壤肥力，實現生態良性循環。然而，近幾十年來規模化、集約化養殖模式普遍導致種植業和養殖業分離，畜禽廢棄物利用率低，農田普遍使用化學合成肥料，長期“重化肥、輕有機肥”，我國有機肥施用占肥料施用總量的比例從1949年的99.9%到1990年的37.4%，2000年降至30.6%，目前該比重已經降至8%-10%。
環境污染嚴重。當前，我國對化肥和農藥的使用量已經遠遠超過世界各國的平均用量， 國際上公認的化肥施用安全上限是每公頃225千克，但2017年我國農用化肥單位面積平均施用量達到每公頃434.3千克，是國際安全上限的1.93倍，在不少地區施用量已超過國際標準上限的3.3倍。據調查，我國集約化農區每年每畝平均施純氮30～40千克，磷20～30千克，實際利用率不到40%;農藥年投放量20多萬噸，僅有20%～30%起作用，過量未被利用的養分通過固定、淋溶和揮發等進入環境，造成土壤板結酸化，重金屬超標，水體污染等，加速了生態的惡化。
耕地生態建設滯后。耕地是典型的半人工半自然生態系統，提供了糧食生產基本功能以及氣候調節、空氣凈化、水文調節、維持生物多樣性等多種生態功能，這些功能依賴耕地本體健康及其與周邊生態系統的連通互作。但我們對耕地生態功能關注度并不高，耕地生態系統認知理念滯后，缺乏半自然農田生態環境營造與維護，耕地生態系統穩定性、抗逆性大幅下降。對耕地功能認識的單一也造成耕地常常成為生態建設、城市美化的犧牲品，同時，耕地上的產品價格也不能反映耕地經濟產出外的其他非市場價值，對耕地保護和可持續利用也帶來了負面影響。
耕地生態領域技術支撐不足。在耕地生態建設領域存在投入分散，科技整體創新度與產業關聯度弱等問題。農民沒有足夠的理論知識和經驗對復雜的農業生態系統進行科學設計，在實踐中也缺乏對新技術應用的探索，缺少耕地生態保護的激勵約束機制與政策。在耕地生態功能多元化開發與利用、區域尺度面源污染治理、農田半自然生境設計與管護、種養結合布局與技術標準等方面科技創新支撐力依然不足，特別是適應和支撐未來發展的“卡脖子”理論、關鍵核心技術以及產品裝備研發還未完全突破，大部分成果還沒有完全熟化落地。
我國耕地生態建設的認知探索與發展實踐
從傳統農耕文明到現代生態型農業，我國對耕地生態建設的認識逐漸深入，鄉村振興促進法中產業發展、生態保護章節對現代生態型農業進行了具體描繪。自然生態安全的農業是今后的目標和方向，也是實現鄉村振興戰略的重要基礎。
我國在長期的農業生產實踐中形成了豐富的農業經營與技術手段，具有顯著的科學性。如《齊民要術》中記載了輪作、種植綠肥以及施用糞肥等提高土壤肥力的方法;《沈氏農書》記載了明清時期在太湖地區推行的“農牧桑蠶魚系統”，通過種養結合來維持農田生態系統功能的多樣性和復雜性。我國目前保留下來的農業文化遺產中很多都是高效利用土地空間種養相結合的生態復合農(漁、牧)業系統，這些農業系統觀念和技術至今依然具有廣泛的適用性，對提高農村水土效用、保護修復耕地、維護農業生態平衡、維持生物多樣性等具有重要的啟示意義。
近年來認識發展的3個階段。
一是生態理念宣貫階段。在全球環境污染、生態失衡以及巨大的人口壓力等復雜背景下，在傳統生態型農業理論與實踐的基礎上，受國內外循環經濟思想與方法的啟發，人們認識到需發展循環型生態型農業來保護耕地，推動農業可持續發展。20世紀80年代我國開始實施生態農業工程，組織了生態農業試點縣建設，宣傳推廣生態循環理念，通過因地制宜、政府扶持、農民響應，在我國南方形成了“豬-沼-果”等模式，北方形成了“大棚-養豬-廁所-沼氣”等模式。在立體循環模式中畜禽糞便進入沼氣池產生沼肥， 為農作物提供了高效有機肥，為土壤補充了有機質，減少了污染物的排放，提高了資源利用率，改善了生態環境。
二是問題導向的“修補”階段。2003年《土地開發整理若干意見》發布，以保護耕地為目標，以保護和改善生態環境為基本原則，明確了土地開發整理的內容，包括歸并零散地塊、修筑梯田、整治養殖水面;建設農田配套工程和防護設施;治理沙化地、鹽堿地、污染土地，改良土壤，恢復植被。2006年確定了116個國家級基本農田保護示范區，將基本農田建設作為主要內容。此階段的耕地保護以解決問題為導向，主要是為了改善農業生產條件、提高糧食生產能力，針對耕地利用中存在的障礙因子采取工程、生物等措施，來增加耕地面積、提高耕地質量、改善生態環境。
三是國土整治與生態修復階段。“十二五”“十三五”時期發布了兩輪全國土地整治規劃，統籌推進田、水、路、林、村綜合整治，堅持土地整治與生態保護相統一，在積極補充耕地數量的同時，更加注重提高耕地質量和改善農業生態環境。在農用地整理中要求推進農田防護與生態環境建設，開展重要農業文化遺產保護與建設，加強退化土地修復和耕地修復養護，發揮農田景觀和生態功能作用。充分認識到山水林田湖草是生命共同體，考慮國土空間的系統性和整體性，通過國土綜合整治來實現優化空間格局、提高資源利用效率、改善生態環境質量、提升國土空間品質。將農村的生產、生活、生態空間進行整體優化，按照系統治理的要求，統籌農用地整理、建設用地整理和鄉村生態保護修復各項活動，從而實現耕地的保護修復，推動農業綠色發展。
自然生態安全的農業是實現鄉村振興戰略的重要保障。進入生態文明階段之后，良好的生態環境已成為最公平的公共產品和最普惠的民生福祉，人們對耕地的需求已不再滿足于提供農產品，還包括基于農民就業與生存保障、農耕傳統文化、農田獨特的生態景觀、生物棲息的場所、空氣與地下水的凈化等豐富的社會生態需求。鄉村振興的基礎在農業，推動耕地數量、質量、生態三位一體保護，增加優質、安全、特色的農產品供給，建設自然、生態、安全型農業，推行鄉村綠色發展方式有助于優化農業生產力布局;有助于發展優勢產業，開發農業多功能屬性;有助于不斷推進農業科技進步，提高農業綜合生產能力和競爭力，實現農業可持續發展。
保護修復耕地，建設生態型農業的實施路徑
“堅持因地制宜、規劃先行”“堅持人與自然和諧共生，統籌山水林田湖草沙系統治理”，鄉村振興促進法將此作為基本原則，對建設生態型農業、促進鄉村發展指明了具體的實施路徑。
依據國土空間規劃，優化農業發展格局。落實國土空間規劃確定的主體功能分區，優化農業布局，以糧食生產功能區和重要農產品保護區為重點，科學確定不同區域農業發展重點，形成優勢突出和特色鮮明的產業帶，發展生態循環農業，促進農業資源的永續利用。制定農產品主產區、城市化地區和生態功能區的農業發展策略，農產品主產區建設集中連片、設施配套、高產穩產、生態良好、抗災能力強的高標準農田;城市化地區發揮農田的景觀、綠隔功能，將耕地作為綠心、綠帶的重要組成部分，促進現代化都市農業和休閑農業發展;生態功能區建設集水土保持、生態涵養、特色農產品生產于一體，與山區丘陵環境相適應的生態型農田，針對三大空間的農地及生態管護提出針對性政策和方法。同時，科學布局農業生態配套設施，在產糧大縣、畜牧大縣統籌布局農業產業和沼氣工程、沼液配送、有機肥加工、農業廢棄物收集處理等配套服務設施，構建生態循環農業產業體系。
建立科學的國土空間用途管制制度，制定管控規則。科學的國土空間用途管制制度是實現國土空間治理、加強自然資源利用與管理的主要措施，2019年《關于在國土空間規劃中統籌劃定落實三條控制線的指導意見》明確了三線劃定的原則、方法以及沖突協調和保障措施，《關于建立國土空間規劃體系并監督實施的若干意見》了國家層面對國土空間用途管制的總體原則。應以“三區三線”與國土空間規劃分區作為空間約束，堅持底線思維，落實最嚴格的耕地保護制度，遵循空間主體功能定位，依據耕地在不同空間的特點，進行差異化的利用強度及方式管控，形成差異化的管控機制。針對農業和生態資源較為豐富的地區，應著重探索區域混合功能用地的管控規則。
貫徹山水林田湖草生命共同體理念，推進全域土地綜合整治。以科學合理規劃為前提，以鄉鎮為基本實施單元，整體推進農用地整理、建設用地整理和鄉村生態保護修復，打造集聚高效的生產空間、宜居適度的生活空間、山清水秀的生態空間。堅持系統思維，著眼于從資源利用、要素配置、空間安全的角度統籌各類空間行為，實施山水林田湖草一體化生態保護和修復，對生態、城鄉、產業、設施等格局作出統籌安排，重構田、塘、梗、丘、園、林、路等生態要素，修復退化、污染的耕地生態系統，科學布局種植業、養殖業以及綠色農產品加工產業，打造種養結合、生態循環、環境優美的田園生態系統，形成綠色農產品產業鏈。將耕地保護置于社會經濟系統和自然生態系統中進行考慮，統籌格局優化、質量提升、面源污染防治、生物多樣性保護等多種功能。
加強科學管理，探索新型種養結合模式。種養循環是一個復雜系統，若出現養殖廢棄物過多則容易產生農業面源污染等環境問題，而養殖廢棄物過少則有機肥源不足。因此，科學合理規劃種植業與養殖業的布局，匹配好種植養殖規模，實現種植、養殖廢棄
